御本社神輿が渡御する３年に一度のお祭りを御神幸祭(ごしんこうさい、通称「本まつり」)といいます。御神幸祭では大・中・小、３基の御本社神輿が、南千住･三之輪、三河島、町屋の61 ヶ町にわたる氏子区域を渡御します。
室町時代天文１０年(1541)荒川洪水の折、町屋村杢右衛門が御殿野(現：町屋地区)に古き神輿を得て本社に納めてより、神輿渡御が行われました。その盛大なことは今も昔も変わりませんが、殊に江戸盛期の寛政、文化、文政の頃は、還御のときのタイマツ送りや千住大橋の綱引き神事等があり、最も盛んだったという記録も残っています。
現在の神輿は明治１０年千葉県市川市行徳村の浅子周慶による作。重量千貫の神輿を、四間半(8.1m)の長柄二本(二天棒)で左右に振る「神輿振り」は大変勇壮です。
この荒々しい神輿振りにより損傷が激しく、昭和天皇米寿の佳き歳に大修繕を行いました。行徳の浅子神輿店を出発した大神輿は、十数艘の船渡御により東京湾を経て、古式ゆかしく宮納めしました。
御本社大神輿は、南千住三之輪・三河島・町屋の三地区の屈強な氏子若睦によってのみ担がれます。伝統を護り次代に引き継ぐことを祈念し、女性や年少の者も担ぐことができるよう、平成7 年皇太子殿下御成婚(当時)を奉祝し調製しました。
秋篠宮悠仁親王殿下御誕生を奉祝し、平成20 年5 月に完成。幼少時からの体験を通じ、伝統の継続・後継の育成と、大・中・小、３基そろった宮神輿二天の神輿振りから、家族･仲間･郷土の地域共同体意識の構築を目指します。
宮神輿を乗せる彩色彫刻の施された絢爛豪華な山車です。大正14 年調製の鳳車は、先の大戦による損傷が激しく、平成2 年、天皇陛下御即位御大典(当時)を奉祝し、日光社寺文化財保存会に修繕を依頼。日光東照宮等を手掛ける名匠名工たちの手により「動く陽明門」と評される見事な修復が成されました。修繕完了に際しては、日光東照宮御神前において御禮の神輿振りを奉納いたしました。
御神幸祭では、宮神輿が次のような諸神事･行列･神輿振りにより、氏子町内を渡御します。
町屋の宮出し
室町時代天文10 年の荒川洪水の折、御殿野(現：町屋地区)に流れ着いた神輿を町屋村杢右衛門が得て本社へ納めた故事により、現在においても御本社の宮出しは町屋の氏子中が行います。
宮出し後、氏子区域を渡御し、町屋原稲荷神社境内に設けられた御旅所に一晩お泊りになります。
三河島地区では、渡御道中において担ぎ棒を参道とみなし、御神紋ゆかりの胡瓜を御祭神に直接お供えして参拝します。
